Protože kapitán James T. Kirk (Chris Pine) je stále horkokrevný a nedisciplinovaný rebel, způsobil drobnější galaktický incident, který by za normálních okolností skončil jeho degradací. Podmínky na rodné Zemi ale normální ani zdaleka nejsou. Došlo totiž k bezprecedentnímu a devastujícímu útoku na Hvězdnou flotilu (Organizace spojených národů budoucnosti) a posádka Enterprise se nabídne, že dopadne pachatele, záhadného intergalaktického teroristu Johna Harrisona (Benedict Cumberbatch). Půjde o její dosud nejnáročnější misi, protože se vydají do míst, kde je ta nejtenčí hranice kamarádstvím a nepřátelstvím, pomstou a spravedlností, klidnou budoucností a ničivou válkou, jež může zničit celý náš vesmír.
 ¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨*¨*¨*¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨

 A v čem teda spočívá celá zápletka? No v podstatě Kirk poruší plno předpisů, s tím ale nesouhlasí Spock a napráší ho velitelům. Oba jsou převeleni, ale než se stihne něco stát, zaútočí na Flotilu hlavní záporák John Harrison. Způsobí jim plno problémů a Kirk si pak vymůže právo ho pronásledovat a zlikvidovat.
To zásadní tedy víme. A to je v podstatě hlavní plot filmu, na který se později nabalí ještě pár věcí.

"Tell me captain, have I got your attention now ?" - Khan

A pokud se ještě chcete trošku pobavit, tady je článek, kde se Abrams brání nařčení ze sexismu... no a je tam i přiložené video, které ukazuje Khana ve sprše... jedna z vystřižených scén ;D